Redes de interacción proteína-proteína: Métodos y protocolos

Título original:

Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols

Contenido del libro:

Este volumen explora técnicas que estudian las interacciones entre proteínas de distintas especies, y las combina con datos específicos del contexto, análisis de conjuntos de datos ómicos, y ensambla interacciones individuales en unidades semánticas de orden superior, es decir, complejos proteicos y módulos funcionales. Los capítulos de este libro abarcan métodos computacionales que resuelven diversas tareas, como la predicción de interacciones funcionales proteína-proteína.

La comparación de redes de interacción basada en la alineación mediante SANA.

El uso del servidor web RaptorX-ComplexContact para predecir contactos residuo-residuo entre proteínas.

El acoplamiento de confirmaciones alternativas de proteínas que participan en interacciones binarias y la selección guiada visualmente de un modelo de acoplamiento mediante COZOID.

La detección de nuevas unidades funcionales mediante KeyPathwayMiner y cómo PathClass puede utilizar estas vías de novo para clasificar los subtipos de cáncer de mama. Escrito en el formato de la exitosa serie Methods in Molecular Biology, los capítulos incluyen introducciones a sus respectivos temas, listas del hardware y software necesarios, protocolos computacionales fácilmente reproducibles paso a paso, y consejos para solucionar problemas y evitar errores conocidos.

Vanguardista y exhaustivo, Protein-Protein Interaction Networks: Métodos y protocolos es un valioso recurso tanto para investigadores noveles como para expertos interesados en aprender más sobre este campo en constante evolución.