Perl para Bioinformática

Opiniones de los lectores

El libro 'Beginning Perl for Bioinformatics' es un recurso destinado a enseñar a programar en Perl específicamente a quienes se dedican a las ciencias biológicas, en particular a la bioinformática. Está pensado para principiantes sin experiencia previa en programación y ha recibido comentarios positivos por sus explicaciones claras, ejemplos prácticos y capacidad para desmitificar los conceptos de programación. Sin embargo, varias reseñas mencionan que el libro puede no ser lo suficientemente exhaustivo y podría estar desactualizado, lo que podría ocasionar problemas con la depuración de scripts.

⬤ Bien organizado y fácil de entender para principiantes.
⬤ Proporciona una introducción suave a Perl con aplicaciones prácticas en bioinformática.
⬤ Incluye ejemplos claros y ejercicios que son relevantes para los problemas biológicos.
⬤ Enseña conceptos básicos de programación y expresiones regulares de forma efectiva.
⬤ Muy recomendable como punto de partida para biólogos que quieran aprender a programar.

⬤ Algunos usuarios encontraron el libro demasiado básico y no lo suficientemente profundo para estudiantes más avanzados.
⬤ Muchos revisores señalaron que está desactualizado, lo que puede dar lugar a problemas con la depuración de scripts.
⬤ Algunos ejemplos y explicaciones podrían ser mejores, especialmente en temas complejos.
⬤ No es adecuado para quienes ya tienen conocimientos de Perl.

(basado en 47 opiniones de lectores)

Título original:

Beginning Perl for Bioinformatics

Contenido del libro:

Con su desarrollada capacidad para detectar patrones en los datos, Perl se ha convertido en uno de los lenguajes más populares para el análisis de datos biológicos. Pero si usted es un biólogo con poca o ninguna experiencia en programación, iniciarse en Perl puede ser todo un reto. Muchos biólogos tienen dificultades para aprender a aplicar el lenguaje a la bioinformática. Los libros de programación en Perl más populares suelen ser demasiado teóricos y estar demasiado centrados en la informática para un biólogo no programador que necesita resolver problemas muy concretos. Beginning Perl for Bioinformatics está diseñado para que supere rápidamente la barrera del lenguaje Perl abordando la programación como una nueva e importante habilidad de laboratorio, revelando programas y técnicas Perl que son inmediatamente útiles en el laboratorio. Cada capítulo se centra en la resolución de un problema o clase de problemas bioinformáticos concretos, empezando por los más sencillos y aumentando su complejidad a medida que avanza el libro. Cada capítulo incluye ejercicios de programación y enseña bioinformática mostrando y modificando programas que tratan diversos tipos de problemas biológicos prácticos. Al final del libro tendrá una sólida comprensión de los fundamentos de Perl, una colección de programas para tareas como el análisis sintáctico de BLAST y GenBank, y las habilidades necesarias para enfrentarse a la programación bioinformática más avanzada. Algunos de los capítulos posteriores se centran en mayor detalle en temas bioinformáticos específicos.

Este libro puede utilizarse como libro de texto en el aula, para el autoaprendizaje y como referencia. El libro abarca: Conceptos básicos de programación y trabajo con secuencias y cadenas de ADN.

Depuración del código.

Simulación de mutaciones genéticas mediante generadores de números aleatorios.

Expresiones regulares y búsqueda de motivos en los datos.

Matrices, hashes y bases de datos relacionales.

Expresiones regulares y mapas de restricción.

Uso de Perl para analizar registros PDB, anotaciones en GenBank y resultados de BLAST.