Genómica en la nube: Uso de Docker, Gatk y Wdl en Terra

Opiniones de los lectores

El libro ofrece una introducción completa y accesible a la genómica computacional, con ejercicios prácticos y un enfoque paso a paso. Aunque es bien recibido por su contenido y estilo didáctico, hay quejas sobre la calidad de los gráficos y el enfoque en genómica humana, y algunos lectores esperan actualizaciones debido a la rápida evolución de la tecnología.

⬤ Introducción concisa a la computación y la genómica
⬤ instrucciones paso a paso para ejercicios prácticos
⬤ estilo de redacción humorístico y atractivo
⬤ referencia exhaustiva de mejores prácticas
⬤ útil para usuarios de GATK
⬤ accesible para principiantes e investigadores experimentados
⬤ bien estructurado para el aprendizaje en grupo.

⬤ Mala calidad de figuras y gráficos
⬤ algunos contenidos pueden quedar obsoletos con los lanzamientos de nuevas tecnologías
⬤ enfoque limitado en genómica no humana
⬤ problemas con la calidad de impresión en copias físicas.

(basado en 8 opiniones de lectores)

Título original:

Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra

Contenido del libro:

Los datos en el campo de la genómica están en auge. En pocos años, organizaciones como los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) albergarán más de 50 petabytes -o más de 50 millones de gigabytes- de datos genómicos, y están recurriendo a la infraestructura de la nube para poner esos datos a disposición de la comunidad investigadora.

¿Cómo adaptar las herramientas y protocolos de análisis para acceder y analizar ese volumen de datos en la nube? Con este práctico libro, los investigadores aprenderán a trabajar con algoritmos genómicos utilizando herramientas de código abierto, como el Genome Analysis Toolkit (GATK), Docker, WDL y Terra. Geraldine Van der Auwera, custodio desde hace mucho tiempo de la comunidad de usuarios de GATK, y Brian O'Connor, del Instituto de Genómica de UC Santa Cruz, le guiarán a través del proceso.

Aprenderá trabajando con datos reales y algoritmos genómicos de campo. Este libro cubre: Antecedentes esenciales de genómica y tecnología computacional Operaciones básicas de computación en la nube Primeros pasos con GATK, además de tres importantes pipelines GATK Best Practices Automatización de análisis con flujos de trabajo con scripts utilizando WDL y Cromwell Escalado de la ejecución de flujos de trabajo en la nube, incluyendo paralelización y optimización de costes Análisis interactivo en la nube utilizando cuadernos Jupyter Colaboración segura y reproducibilidad computacional utilizando Terra.