Comprender la simulación molecular: de los algoritmos a las aplicaciones (Frenkel Daan (Instituto FOM de Física Atómica y Molecular, Países Bajos))

Opiniones de los lectores

El libro está muy bien considerado por sus claras explicaciones de los métodos de simulación molecular, lo que lo convierte en una elección popular tanto para estudiantes como para investigadores. Resulta especialmente útil para principiantes y abarca tanto las técnicas de Monte Carlo (MC) como las de dinámica molecular (MD). Sin embargo, algunos lectores encuentran problemas con la calidad de la versión electrónica, la dependencia de prácticas de programación anticuadas como Fortran, y un enfoque en algoritmos más que en ejemplos prácticos de codificación.

Explicaciones claras de conceptos de simulación molecular, bueno para principiantes, algoritmos útiles, cobertura detallada de métodos MC y MD, recomendado por asesores, versión impresa de alta calidad.

La versión electrónica adolece de mala calidad, ya que le faltan texto y símbolos, se centra en código Fortran obsoleto, algunos contenidos parecen copiados de otros textos clásicos, carece de técnicas avanzadas de MD, puede no ser útil para usuarios avanzados.

(basado en 23 opiniones de lectores)

Título original:

Understanding Molecular Simulation - From Algorithms to Applications (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Contenido del libro:

Comprender la simulación molecular: de los algoritmos a las aplicaciones explica la física que hay detrás de las "recetas" de la simulación molecular para la ciencia de los materiales. Los simuladores informáticos se enfrentan continuamente a cuestiones relativas a la elección de una técnica concreta para una aplicación determinada. Existe una gran variedad de herramientas, por lo que la elección de una técnica requiere una buena comprensión de los principios básicos. Y lo que es más importante, esa comprensión puede mejorar enormemente la eficacia de un programa de simulación. La aplicación de los métodos de simulación se ilustra mediante pseudocódigos y su uso práctico en los casos prácticos utilizados en el texto.

Desde la primera edición, hace sólo cinco años, el mundo de la simulación ha cambiado significativamente: las técnicas actuales han madurado y han aparecido otras nuevas. Esta nueva edición aborda estos nuevos desarrollos; en particular, hay secciones sobre:

- Muestreo de trayectorias de transición y cruce de barreras difusivas para simular sucesos.

- Dinámica de partículas disipativas como técnica de simulación de cursos.

- Esquemas novedosos para calcular las fuerzas de largo alcance.

- Dinámica hamiltoniana y no hamiltoniana en el contexto de simulaciones de dinámica molecular a temperatura y presión constantes.

- Algoritmos de múltiples pasos temporales como alternativa para las restricciones.

- Defectos en sólidos.

- Muestreo de Rosenbluth enriquecido, crecimiento por retroceso y rotaciones concertadas para moléculas complejas.

- Atemperamiento paralelo para hamiltonianos vítreos.

Se incluyen ejemplos que ponen de relieve aplicaciones actuales y los códigos de los casos prácticos están disponibles en la World Wide Web. Desde la primera edición se han añadido varios ejemplos nuevos para ilustrar aplicaciones recientes. En esta nueva edición se incluyen preguntas. No se presuponen conocimientos previos de simulación por ordenador.